遺伝子マーカーいでんし-とは、生物個体の遺伝的性質遺伝型、もしくは系統個人の特定、親子・親族関係、血統あるいは品種などの目印となる、つまりある性質をもつ個体に特有の、DNA配列をいう。遺伝マーカー、DNAマーカーなどとも呼ばれる。短いものでは1～数塩基の一塩基多型SNPや制限断片長多型RFLPから、長いものではマイクロサテライトまで、様々な種類がある。遺伝子マーカーは、容易に検出でき、その座位が特定されていて、多型的な個体によって違いがあるものである必要がある。遺伝的性質への応用では、遺伝子マーカーは注目している遺伝的性質の直接の原因である必要は必ずしもなく、染色体上で原因遺伝子の十分近傍の座位にあればよい。例えば、遺伝病とその遺伝的原因ある遺伝子の突然変異によって蛋白質の機能異常が生じるなどの関係を研究するのに遺伝子マーカーが用いられる。
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